Urodziła się w 1964 roku jako córka uznanego autora haiku, Shigeru Ekuniego. Kaori Ekuni dorastała w wśród poezji i literackiej atmosfery.

Swoją przygodę z twórczością pisarską rozpoczęła od literatury dziecięcej, szybko jednak zmieniła docelowego odbiorcę na dorosłego czytelnika. Doskonale włada językiem angielskim (pozostałość po studiach w USA) i często przekłada na japoński książki dla dzieci.

Powieść Kirakira Hikaru wydana w Polsce jako Błysk szczęścia jest jednym z ulubionych dzieł tej pisarki wśród czytelników; w 1992 r. została nagrodzona Murasaki Shikibu Prize.

W 2004 r. Ekuni odebrała Nagrodę Naoki za zbiór opowiadań Gōkyū suru Junbi wa Dekiteita.

W swoich utworach opisuje zwykłych ludzi, a poruszające tematy odnajduje w codziennych sytuacjach. Chwalona za poetycką narrację, za granicą często nazywana jest „kobiecym Murakamim”.